對於性別分化不明的嬰兒，應該當男孩還是女孩養育?

首先要能先查出致病的原因在做判斷，一般真性及女性假陰陽人，以做女孩為佳，而對男性假陰陽人而言要看病因為何再做決定，一般男性賀爾蒙受體異常者，以做女性為佳，產生”活性”男性賀爾蒙異常的病患（5α-reductase deficiency），一般較常當男孩養育。至於合成男性賀爾蒙異常的病患則要靠許多方面評估，如：陰莖的大小、陰莖對男性賀爾蒙的反應等等，一般患小陰莖的男孩，陰莖很少能發育至正常大小。因此，對於生殖器不明的小孩，選擇女性的性別，比視為不完全男性來撫養，會有較佳的效果。

在經過性別重建之後，加上適當的復建手術及荷爾蒙的補充治療，新的性別即由此確立。此時更需要充分的心理建設，使心性性別和染色體別不一致的小孩，不會有任何心理適應的困難。而且重要的是，家庭成員和其他人，應堅決接受早年撫養長大的性別。如此，這些小孩便可順利適應，長大為男性化的男人，或女性化的女人，也有能力適應正常的異性關係，而能夠過著較好的生活。
治療的醫療團隊包含了:（小兒）外科醫師、（小兒）內分泌科醫師、（小兒）遺傳科醫師、婦產科醫師和社工師。

目前性別的認定，仍有部分的醫師持不同的看法，有些醫師認為可等小孩子到青少年或成年後性向完全決定後再決定該為男性或女性，以免病人成年後發現性向與原先判定不同。